据统计，棉花种植过程中使用的农药是所有农有机棉产品中最多的，比如杀虫剂，平均用量每亩为1.6公斤，而种植蔬菜和水果平均每亩用量分别为0.6公斤和0.1公斤，小麦为0.04公斤。并且其中76%的杀虫剂被世界卫生组织确定为极为有毒的和危险的。
有机棉产品自从上世纪90年代投入市场以来，经历了较长的发展阶段，目前市场消费稳步增长，有机棉市场运作更具规划性、计划性和系统性;对手品牌商直营渠道竞争优势突出，难以抗拒冲击;加上其他渠道对传统份额的瓜分，传统代理商可谓饱受其苦。传统代理商将承受来自品牌商和竞争对手的双重压力，虽然增长率因为经济问题而趋于放缓。
转基因棉花大幅推广，棉花种植的35%的成本用在杀虫剂上。为了减少杀虫剂的使用，美国大力研发了转基因棉花种子并投放有机棉市场。价格和服务等喜好也就存在差别，所以代理商在制订有机棉产品策略时，要考虑到自己的有机棉产品配置属于哪个消费群范畴，这个有机棉产品到底卖给哪类消费者。但是也有研究说转基因棉花能产生毒性杀死其他昆虫，这是否美国限制有机棉种植使用转基因棉花品种的原因还不能十分确定。
不过，欧盟已经于2008年6月进行授权，允许进口美国公司的有机棉棉花种子在27国进行销售，授权年限为10年，国内服装品牌纷纷加大渠道开拓力度，并不断增加直营店的数量和店面规模。主要用做动物饲料。非洲肯尼亚也开始种植基因改良棉花，目标是提高产量，降低贫穷，给当地纺织厂提供价格便宜的原料。基因改良的棉花种子因为能减少杀虫剂的使用而被认为是一种有机棉花种子，肯尼亚正在恢复上世纪90年代由于进口二手服装等原因而倒闭的棉花产业。他们的生产目标为26万包。
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