运营文化差异
企业文化看似无形，但有时不同的企业文化往往成为企业日后运营失利的罪魁祸首。过去并购以“大鱼吃小鱼”的形式居多，小企业被消化在大企业中在情理之中。不过，近年的并购中却出现了“两强联合”甚至是“蛇吞象”的现象，文化的融合格外重要。
今年的大型并购中，出现了多起内资企业主导外资企业的情况，两者是互相保持独立，还是一方妥协于另一方，需要双方根据自身情况进行尝试。
在王府井百货对春天百货的收购中，王府井百货是正宗的国有百货，而春天百货则属于外商独资企业。北京商业经济学会秘书长赖阳认为，虽然王府井百货可帮助春天百货提升业绩，春天百货也可向王府井百货提供丰富的品牌资源和管理经验，但二者管理团队应保持相对独立的运营，谨慎整合。
中投顾问流通行业研究员申正远在分析华润和乐购时表示，合理的制度是可以避免文化冲突的，可以使合资公司中两个不同的利益体得到统一。“乐购之所以与华润合作，也正是看中华润对中国市场的熟悉和掌控能力。我认为合资公司的文化可能会更倾向于华润系，这有利于公司的稳定和成长。”在RET睿意德执行董事张家鹏看来，双方企业有选择地分摊优势才更具活力。“通常的做法是，企业不急于做强势管理，而是在这一过程中积极寻找双方的共识和差异。在共识方面进行交流，让双方会产生认同感，随后便可探讨双方差异中哪一方面可保留，可取舍。”
除文化背景外，张家鹏认为，合并后的企业还将面临运营模式的差异。 “春天百货定位高端，王府井百货以大众品牌为主，二者在运营模式和当初的战略上都有不同，在整合中如何产生协同效应也是企业需面临解决的问题。”
员工安置
在宣布将被物美收购的第二天，卜蜂莲花就出现了员工风波。由于对未来前途的不确定，员工选择了罢工闭店以讨要安置说法。
相比于上世纪90年代中末期的并购潮，如今企业的并购重组更加理性。同时，随着市场环境不断成熟，企业机制也日渐完善，这也大幅提高了企业并购整合的成功率。不过，中商商业研究中心研究部主任姚力鸣表示，并不是所有并购都能为企业带来利好。“人员安排是企业整合后将面临的首要解决难题，管理层人员位置变化、普通员工去向如何都需要解决。”
对此，一位不愿具名的零售专家表示，人员安置是企业并购后面临的首要问题，并购后出现人事纠纷的情况也屡见不鲜。“零售业是劳动密集型行业，现在又不断出现用工荒。一般情况下并购后会对基层员工进行保留，但中高层肯定会有调整，不排除被收购企业裁员或降级的情况。”
张家鹏表示，无论是百货还是超市都属于用人较多的行业，因此不同的文化主体的企业在并购中必然存在差异。“大批员工从一种文化归入到另一种文化中，管理规范、思考问题的模式肯定会有不同，也就容易造成冲突。”
“冲突下不宜太过强势。”姚力鸣认为，如果被并购方中有大批员工不能接纳收购方的企业文化，对于这批员工，企业一旦采用完全裁员的方式解决，最终的结果通常也不太好。
供应链整合
横向并购是企业快速扩张的一种有效手段，但决定并购行为成败的还是内部供应链的整合。在业界看来，横向并购后的企业为避免原有的供应链各自为政，并且为整合外部供应链打下基础，必须进行内部供应链的整合。
据已有的统计数据显示，在已有的案例中，中方对外资并购的成功率低于五成。企业并购成功率不高，失败的重要原因是并购后的整合管理出现了问题。从业务需求来看，供应链对协同性和整合深度要求都是最高的，它要求各专业部门、各分支机构高度协同。
供应链的整合势必引起冲突。华润系曾收购多家区域超市，收购后需要采购统一，区域性企业往往有当地的供应商，一旦统一采购，与当地供应商的合作关系就被打破，且影响销售。据了解，华润万家很强势，其规定给供应商货款账期60天，但区域零售商账期在40-45天，对供应商来说，账期越短越好，华润万家的作风有时让供应商不愉快。被并购后，原区域企业的很多权限被上收，业者与当地合作者很难及时敲定事宜。
上海尚益咨询总经理胡春才认为，并购后双方如果商议合理，其实可以产生对供应商更好的交易条件。“一般情况下是求同存异，对全国性商品与供应商进行统一谈判，以量大取得较低的采购成本。不具备在其他地区推广条件的地区性商品则可以放权进行当地采购，这也是本地化经营的重要手段”。
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