在后整理工艺生产抗菌非织造材料时，最需要注意的就是抗菌剂的选择。抗菌整理中所用到的抗菌剂要求对不受欢迎的微生物有选择活性，抗菌效果佳，无耐药性，耐洗涤，耐消毒和灭菌处理等。
另外，大多非织造抗菌产品都是用于医疗、医药产品和个人卫生产品等方面，因此要求对皮肤无刺激性、无毒性、不产生致病物质等。单从抗菌抑菌效果来讲，无机抗菌剂特别是银系抗菌剂的效果最好，有机抗菌剂要差些。
同时，由于抗菌剂的组成和分子结构不一样，对整理方法的适应性也不尽相同，因此，在工艺选择方面也十分有讲究：应用无机类抗菌剂限制条件比较少;应用有机抗菌剂时就应该注意温度、PH值等对抗菌剂性能的影响。比如有的抗菌剂在高温或PH值不同时失效或者抑菌效果降低。
此外，几种工艺同时进行时各种助剂间的匹配原则也十分重要。在对同一非织造材料进行多种功能整理时要注意各种助剂间的匹配原则，避免互相影响而降低效果。
如同浴进行抗菌和染色整理时，就要考虑到粘合剂、涂料、渗透剂、消泡剂等助剂间的拮抗作用和对抗菌剂抗菌效果的影响，以避免出现阴离子型助剂和阳离子型助剂同浴产生沉淀和各种助剂搭配不合理导致抗菌效果降低等情况。
根据设备的不同和产品用途的不同，采用后整理方法加工非织造抗菌材料还有其他的方法，如对抗菌效果要求不太高的产品可以采用喷洒抗菌剂的方法，对于单面抗菌材料可以采用单面涂层工艺，而消毒湿巾生产则等采取直接浸渍的方法等等。
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