会计核算上不同的处理方法产生的数据会有差别。例如固定资产采用直线折旧法或采用加速折旧法，折旧费也不同。企业长期投资采用成本法与采用权益法所确认的投资收益也不一样。
因此，如果企业前后期会计处理方法改变，对前后期财务报表对比分析就会有影响。同样，一个企业与另一个企业比较，如果两个企业对同一事项的会计处理采用的方法不一样，数据的可比性也会降低。
所以，我们在分析报表时，一定要注意看附注，看看企业使用的是什么方法以及方法有无变更等。
从财务报表分析方法来看，某些指标计算方法不同也会给不同企业之间的比较带来不同程度的影响。例如应收账款周转率、存货周转率等，其平均余额的计算，报表使用者由于数据的限制，往往用年初数与年末数进行平均，这样平均计算应收账款余额与存货余额，在经营业务一年内各月各季较均衡的企业尚可。
但在季节性经营的企业或各月变动情况较大的情况下，如期初与期末正好是经营旺季，其平均余额就会过大，如是淡季，则又会过小，从而影响到指标的准确性。
此外，财务报表分析、指标评价要与其他企业以及行业平均指标比较才有意义。但各企业不同的情况，如环境影响、企业规模、会计核算方法的差别，会对可比性产生影响。而行业平均指标，往往是各种各样情况的综合或折衷。
如果行业平均指标是采用抽样调查得到的，在抽到极端样本时，还会歪曲整个行业情况。因此，在对比分析时，应慎重使用行业平均指标，对不同企业进行比较时应注意调整一些不可比因素的影响。
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