处理过剩的棉花储备问题:
中国现正为过剩的棉花储备而烦恼,过去三年来中国储备棉的库存量，已足以供应国内纺织厂需求两年之久,政府必须逐步卖掉过剩的棉花，同时又必须避免大幅压低棉价,而导致中国农民完全停止种植棉花。
抛储动作,数量,时间,价格成为重要问题,储备内的陈年棉花在长期存放后可能变脆，不容易纺成纱线或者导致染色问题.及人为掺杂做假等,这都引起了人们对储备棉质量的担忧。
限额棉花免税进口问题:
中国称根据加入世贸组织时的谈判条款，中国必须允许国内纺织企业每年免税进口89.4万吨的棉花。
以往,一般情况下，为迫使纺织厂购买国产棉花，中国的中央计划部门会推迟一段时间,才向纺织企业增发进口配额。
进口配额如在国际棉价足够低，差额上使得无配额进口在缴付40%的进口税后仍可盈利，那么中国纺织企业仍可能在没有配额的情况下进口棉花,目前的价格就存在这种情况,未来可能进一步恶化,使进口配额变得毫无意义。
棉农直接补贴问题:
中国在2013年曾暗示，计划改变传统储备体系，代之以与美国类似的农民补贴体系。
鉴于棉储政策计划外的成本，中国调整了棉花收储政策，改为向新疆棉农直接补贴,发改委指出，除了新疆试点的区域之外，还有长江、黄河流域主产区，国家也会适当的给予补贴。
但现在这个原则国务院已经定了，怎么补，补多少将由财政部发布,现在仍未明确,棉农、棉企的反应不一，心里依然没有底,短期地方收购市场将较为冷清。
由于棉花产量降低，人工成本提高，棉农认为籽棉收购价格要在8元/公斤以上才会保本，若交售价格偏低，即便棉花补贴拿到手，对于地方的棉农而言，植棉利润依旧微薄，甚至有可能还会亏本,棉农一方面在等棉企正式收购定价，另一方面棉花补贴的手续繁琐，多数棉农表示一头雾水，要等待政府宣布细则。
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