相比企业，行政事业单位会计队伍在专业知识、专业能力等方面都相对落后，在内控观念上也不例外。对此，杭州师范大学财务处处长陈珍红颇有感触，她说：“甚至有些高校的财务负责人都不具备会计从业资格证书。”据陈珍红介绍，她接触过的很多行政事业单位会计人，对内控的观念基本上是传统和淡薄的，他们认为内控只是会计人的一个“道德自律”问题，甚至只要自己不拿公家的钱就行了。
记者了解到，部分行政事业单位在内控上存在不少问题。比如，许多行政事业单位会计人基本上只是履行报账员的职责，而出纳有许多是由驾驶员或秘书兼任，制作凭证、记账、管理会计档案、对账等工作基本上由一人经手，保险柜钥匙只由一人保管、印章和支票没有分别保管等现象也屡有发生。
另外，有的单位财务章和法人章随意摆放，甚至长年由一人保管。“我曾看到过一个单位的财务章和法人章放在一个柜台上，我当时问怎么不担心有人蓄谋调包印章这类风险发生，他们却认为，不会有人乱来的。”陈珍红对这样一幕印象深刻。
然而，这样的内控观念显然已经不符合目前行政事业单位的发展。近年来，行政事业单位职能向多元化方向发展，业务内容错综复杂，因此，行政事业单位会计人的内控观念亟待提升。
以高校为例，除学校预算拨款、科研经费、专项资金等多渠道建设资金外，学校还有基本建设资金、后勤经营服务收支、教育基金会、独立学校及各项投资产业等，在财务管理过程中会涉及大额资金支付决策和执行、投资、借款、贷款、担保等重大事项，如果不配备高素质的财务负责人和专业的会计人员，利用专业的财务分析，建立完善的制度，这些重大事项决策的失误率就会提高，造成国有资产的流失等。
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