企业会计准则与税法在税务处理中的矛盾增加了企业的负担，导致企业多交税金，有失公平原则，也不利于新会计制度的推广。例如，会计准则规定开办费用应于开始生产经营的当月起一次摊入当期损益，但税法规定开办费在不短于5年内分期摊入。举个例子，某单位60万元的开办费一次计入了损益，但税法规定必须按5年摊销，每年应摊12万元，会计上当期多摊的48万元要作纳税调整，补交当期所得税48×33%=15.84万元。按道理说，在以后的4年中每年可以调整所得额12万元，调减所得税12×33%=3.96万元。但在实际工作中，税务部门根本不会再转回以前已交的税款，这样企业为了执行会计制度不得不多交所得税3.96万元。
不断细化规范、变革发展的企业会计准则和税收法规，使得二者的差异日益明显，给会计工作者带来不必要的麻烦，增加了会计和管理工作成本。同时，不法企业趁机弄虚作假也给税务工作带来很大的负面效应。会计核算不能适应市场经济条件的快速变化，为符合税法的要求而对某些核算内容规定得过细过死，以至于物价波动、无形资产及人力资源会计等问题得不到妥善的解决。
长此以往，势必导致会计行业的萎缩，会计市场的萧条。
税收效率包括经济效率和行政效率。经济效率就是要求政府课税要有利于资源的配置，减少纳税人除税收负担以外的额外负担。税法与会计准则的差异大，会计人员不仅要适应不断变化的新的会计法规，还要不断学习层出不穷的税收法规，稍有疏忽，则可能造成偷税，使企业负担超额税收。行政效率就是要求政府课税时尽量节省税务支出，但差异的存在使得税务人员难以把握会计制度的变化，而许多涉税事项又隐藏在会计事项之中，造成税收难以做到应收尽收。因此，企业会计准则与税法在税务处理中的差异，给国家征税带来了一定困难和麻烦，给企业的发展带来了一定的障碍，给税务部门和会计行业的工作人员增添了一定的工作难度。同时，我们也应当用辨证的观点来看待这种不可调和的差异的积极面，这种差异越细化说明我国市场经济越发展，企业的会计制度越健全，国家税收征税标准越细化明确，保证税收收入。
我国不能把会计目标完全定位于提供“客观、真实、公允”的会计信息。因为，当今世界将会计目标定位于此的只有英美等国，而这些国家的现代会计理论和方法是在高度发达的资本市场基础上发展起来的，带有明显的强调为投资服务的倾向，我国的资本市场不够发达，必须强调为国家宏观经济的发展和监督服务。因此，税法和会计制度的目标应尽可能地保持协调，而这种协调在以国家为最高利益的调控下完全可以做到。
(1)税法应有限度地许可企业对风险的估计。税法如果无视企业风险的存在，一味强调保证财政收入，其结果只能是进一步降低企业抵御风险的能力，最终伤及税基。正如税法允许企业计提坏账准备金一样，许可企业计提其他资产跌价(减值)准备。为了防止企业利用风险估计有意进行偷税和延迟纳税，可对计提各种准备的条件和比例做出相应的规范。
(2)积极推进增值税的转型。增值税的税制形式依税负的大小分为“生产型”、“收入型”和“消费型”三种，其区别主要在于对资本性投资是否允许抵扣。我国目前实行的是“生产型”增值税，对企业购进固定资产的进项税额不予扣除，它使得企业在更新设备、改造技术、增加对高新技术投资的增值税负税较高，效益下降，风险增加。因此，应尽快实现增值税由“生产型”向“消费型”的转型，才能从根本上解决这个问题。
会计准则和税法虽然属于不同的范畴，但所追求的目标应当是一致的。因此，二者对会计实务的要求应该尽量统一起来，力求最大限度地避免人为的差异。有关部门在制定和实施企业会计准则的过程中，应当以实事求是的态度对现有的矛盾加以重视和分析，不要让无辜的企业承受矛盾带来的后果。立法机关要加强调查研究，充分听取各方面意见，在制定会计法律法规时让税务部门参与，在制定税务法律时让会计部门参与。企业会计制度还要与国际接轨，在此过程中要充分考虑国情，每出台一项新政策都要充分论证，做到未雨绸缪、提前应付。
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