某地税稽查局的检查小组对甲上市公司进行检查后，出具了稽查报告，其中关于房产税是这样表述的：该公司“固定资产”科目中房屋原值2000万元，减除20%后的余值为1600万元，按1.2%的税率计算，2010年和2011年各应缴房产税19.2万元，均已缴纳，暂未发现少缴房产税的问题。
审理人员在审理时认为，甲公司作为上市公司执行的是《企业会计准则》，其与房屋相关的土地价值必定是另外在“无形资产”科目中核算，而从稽查报告反映，检查人员只依据“固定资产”科目中记载的房屋原值计算了应缴房产税，很可能遗漏了土地价值。于是将此案退回补充检查。
过了不久，检查人员将补充稽查报告和相关证据材料再次报送审理，正如审理人员所怀疑的那样，该公司2006年以2500万元(含支付的税费等)购买了土地使用权后用于建造厂房等建筑物，容积率为0.8.当时是执行《企业会计制度》，房屋建成后，将地价与房屋建造成本一并转入固定资产，并以此为计税依据缴纳房产税。2009年，公司上市时改为执行《企业会计准则》，该公司根据《企业会计准则》的有关规定，将房屋中归属于土地使用权的地价款2500万元从原“固定资产”账面价值中分离到“无形资产”科目中，作为土地使用权的成本，从2009年开始，按“固定资产”科目记载的房产原值2000万元计算缴纳房产税。
按照《财政部、国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关问题的通知》(财税[2008]152号)关于“自2009年1月1日起，对依照房产原值计税的房产，不论是否记载在会计账簿固定资产科目中，均应按照房屋原价计算缴纳房产税。房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算”的规定，该公司2009年～2010年按照房屋原值2000万元计算缴纳房产税并无不妥。
但是，《财政部、国家税务总局关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》(财税[2010]121号) 于2010年12月颁布后，从价计征房产税的计税依据发生了重大变化，该文件第三条规定，对按照房产原值计税的房产，无论会计上如何核算，房产原值均应包含地价，包括为取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等。宗地容积率低于0.5的，按房产建筑面积的2倍计算土地面积并据此确定计入房产原值的地价。本通知自发文之日起执行。此前规定与本通知不一致的，按本通知执行。因此，该公司2011年申报的房产税，由于未将2500万元的地价并入房产计税原值，从而少缴了房产税24万元(2500×80%×1.2%)。据此，稽查局作出了责令补缴税款24万元并加收滞纳金的处理决定。
有关从价计征房产税的计税依据，财税[2008]152号文件规定，房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算。而财税[2010]121号文件修改为“无论会计上如何核算，房产原值均应包含地价”，这一变化，对于执行《企业会计制度》的纳税人来说没有影响;但对于执行《企业会计准则》的纳税人影响很大。从2011年开始，企业在账务处理上仍应按《企业会计准则》执行，将与房屋相关的土地使用权价款在“无形资产”中核算，但是在申报房产税时，必须将地价计入房产原值，作为房产税的计税依据。
因此，从2012年开始，在对上市公司以及执行《企业会计准则》的大中型企业进行房产税检查时，要树立“固定资产”科目中的房产原值并非从价计征房产税的唯一计税依据这一新观念，切勿以惯性思维仅仅只检查“固定资产”中的房产原值，还必须着重对“无形资产”科目中的土地使用权价款进行核实检查，以防少计房产原值，少缴房产税的情形出现。
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