印染废水二级出水污染物可生化性不高，生物降解有一定难度，生物法的重点在于开发强化生物技术的新型生物反应器，以进一步去除COD 和色度。
(1)曝气生物滤池(BAF)。印染废水经二级生化处理后，水中COD 及BOD 相对较低，曝气生物滤池填料上生长的贫营养微生物如假单胞菌、芽孢杆菌等，比表面积较大，对废水中的有机物有较强的亲和力。周锋〔13〕研究了BAF 处理印染废水的二级出水，水解酸化+好氧工艺后增加BAF 深度处理工艺，当进水COD<200 mg/L，水力负荷1.0～2.0 m3/(m2˙h)，气水比为(2～3)∶1 时，出水COD 去除率在50%以上，达到一级排放标准。曝气生物滤池中生物浓度和有机负荷高，处理效果稳定，出水水质好。滤池中的滤料粒径越小处理效果越好，但是小粒径又会使工作周期变短，滤料不易清洗，相应的反冲洗水量也会增加。因此选用合适的滤料粒径是充分发挥曝气生物滤池功能的关键。
(2)移动床生物膜反应器(MBBR)。MBBR 是一种新型的生物膜反应器。微生物在反应器内的填料上富集，填料悬浮于反应器内并随着混合液流动，因此气、水、填料三者能够在反应器内充分接触，氧的利用率和有机污染物的传质效率高，且生物膜的活性较高，老化的生物膜易从填料表面脱落。MBBR 还具有不需要反冲洗、抗冲击负荷强、出水水质稳定等优点〔14〕。
目前关于用MBBR 工艺处理印染废水的研究不多。霍桃梅〔15〕发现MBBR 深度处理印染废水时对 COD 及氨氮两项指标有良好的去除效果。进水COD 由200 mg/L 左右降到50 mg/L 以下，氨氮由10 mg/L 降到2 mg/L 以下，但色度去除率仅为25%。
印染废水中有机污染物品种较多，生物填料上的多菌种体系有较大的降解能力，所以MBBR 作为深度处理工艺对有机物浓度较低的二级生化处理出水具有很大的优势。未来可以将MBBR 在印染废水深度处理中的研究和应用作为一个发展方向。
(3)膜生物反应器(MBR)。膜生物反应器集膜分离与生物降解于一体，可去除废水中大部分残余的COD、色度和所有的SS。而后通过NF(RO)工艺进一步处理，去除大部分盐度，出水水质一般能达到回用水要求。戴舒等〔16〕以回用为目的，采用由好氧反应器和超滤膜组成外置式MBR 结合纳滤膜处理印染废水，结果表明：系统COD、色度和浊度的去除率均达到99%，电导率去除率97%。P.Schoeberl 等〔17〕 先采用MBR 和NF 结合处理印染废水，出水水质全部满足回用水指标，但是考虑到技术难度和高额的经济成本，而后用UF 代替NF 同样取得较好的效果。MBR 的优点在于工艺流程短、占地面积少、出水水质稳定;缺点和膜分离技术类似，主要是膜污染导致的膜寿命短、成本高和电耗高。
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