手机预付费充值卡的处理是部分企业采取了先向通信业务经营商统一采购有面值的手机话费充值卡，取得了通信业务经营商对准企业开具的话费发票，以预付款下账。然后以月份或季度为期间，员工根据本期间由通信业务经营商打印出的个人名义的话费实际清单、业务和财务部门测算出本月因工作发生的大致话费支出，单位补偿充值卡，由员工自行充值，对于业务量不大的员工测算后定期发放定额充值卡，一般不变动。对于业务量较大，变动幅度较大的员工按期测算。在发放充值卡的当月，企业账务处理将话费支出由预付款转入当期费用支出。由于该种测算办法符合真实性和合理性原则，在与税务机关沟通并报税务机关备案后，大多得到税务机关的认可。
发放手机预付费充值卡和个人报销票据，现金发放通信补贴办法相比，很好地解决了合法凭证的问题，并且不存在员工因公垫支“个人所得税”的问题。由于税务机关强调“以票管税”，《国家税务总局关于进一步加强普通发票管理工作的通知》(国税发[2008]80号)也规定，在日常检查中发现纳税人使用不符合规定发票特别是没有填开付款方全称的发票，不得允许纳税人用于税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销，由于取得的预付费充值卡发票是对单位开具，属于符合规定的发票，此项支出是符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出，并且经过合理的测算，可提供相关的依据，容易得到税务机关的认可。
发放手机预付费充值卡也不用再垫支“个人所得”税。《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》(国税发[1999]58号)规定，个人因公务用车和通信制度改革而取得的公务用车、通信补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。由于发放的是手机充值卡，充值数额经过了测算，并且手机话费用于办公支出，在企业账务表现为有合法凭证的办公费用支出，与以现金发放的通信补贴收入有明显区别，不用按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。
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