根据《植物检疫法》及第32994号执行条例规定，全国植物保护所(SFE)负责植物保护、植物及植物产品的进出口、颁发植物检疫证书、所有农用化学或生物产品的注册和审批。SFE还有权禁止进口有潜在危害的上述货品或制品，并对农用转基因产品的贸易和使用加以控制。
依据《动物安全保护法》规定，全国动物安全防护所(SENASA)负责动物安全、动物疾病防控和追溯、肉制品安全、动物饲料、兽药、转基因产品、有害物残留检验等，并有权禁止进口有潜在危害的上述货品或制品。
卫生检疫工作在边境、海关或其他由农畜牧业部指定的地点进行。植物性及动物性产品均须接受检验检疫。植物、植物制品、植物性副产品、动物、动物制品、动物性副产品在进口至哥斯达黎加时必须有由原产国相关机构签发的植物检疫或动物检疫证书。所有进口的转基因产品不仅要符合对进口产品的所有要求，还必须获得生物安全委员会的认证。
哥斯达黎加在所有的双边或地区性贸易协定中均加入了动植物检验检疫条款。这些条款以WTO关于动植物检验检疫协议为参考并加以扩充。
哥斯达黎加根据中美洲关税体系(SAC)对进口商品进行分类。哥斯达黎加的关税分为进口税和附加税。附加税的征收依据是第6946号法律，税率为1%，适用于所有进口货物，只有少数例外(如：自贸协定涵盖的进口商品、WTO关于信息技术协议的商品、受惠于第6695号出口加工区法案的商品、医疗手术设备及药品等)。除需特殊许可才能进口的部分动植物产品、医疗产品和食品外，绝大部分商品进口关税为从价税，适用于CIF价。
哥斯达黎加对国产和进口商品均征收：(1)普通销售税(IGV，税率一般为13%);(2)选择消费税(ISC);(3)对酒精和非酒精饮料、卫浴香皂等征收特别税;(4)市政发展促进税(IFAM);(5)耕种发展税(IDA)。
下列商品免征普通销售税：(1)基本食品;(2)农机轮胎;(3)兽药及兽医医疗设备;(4)农用设备和农药等;(5)医药;(6)煤油;(7)渔业用柴油;(8)书籍;(9)音乐作品;(10)本国产画作;(11)殡葬品;(12)出口商品及出口后3年内再进口的哥斯达黎加商品。
选择消费税的征收对象是：啤酒，葡萄酒及其他发酵型饮料;混合型发酵饮料;酒精含量低于80%的威士忌;白酒、烈酒及其他烈性饮料;雪茄、香烟和其他烟草;国产电器;汽车;乳香;涂料;化妆品;美发产品。
市政发展促进税的征收对象是：烈酒、蒸馏饮料和其他烈性饮料。
耕种发展税的征收对象是：香烟、烈酒、蒸馏饮料和烈性饮料、啤酒、软饮料、碳酸饮料。
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