《税收征收管理法实施细则》第九十四条规定，纳税人拒绝代扣、代收税款的，扣缴义务人应当向税务机关报告，由税务机关直接向纳税人追缴税款、滞纳金;纳税人拒不缴纳的，依照税收征管法第六十八条的规定执行。
《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》(国税函[2004]1199号)第三条规定，按照《征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
《国家税务总局关于贯彻及其实施细则若干具体问题的通知》(国税发[2003]47号)第二条规定，负有代扣代缴义务的单位和个人，在支付款项时应按照征管法及其实施细则的规定，将取得款项的纳税人应缴纳的税款代为扣缴，对纳税人拒绝扣缴税款的，扣缴义务人应暂停支付相当于纳税人应纳税款的款项，并在一日之内报告主管税务机关。
负有代收代缴义务的单位和个人，在收取款项时应按照征管法及其实施细则的规定，将支付款项的纳税人应缴纳的税款代为收缴，对纳税人拒绝给付的，扣缴义务人应在一日之内报告主管税务机关。
扣缴义务人违反征管法及其实施细则规定应扣未扣、应收未收税款的，税务机关除按征管法及其实施细则的有关规定对其给予处罚外，应当责成扣缴义务人限期将应扣未扣、应收未收的税款补扣或补收。
根据上述规定，对于代扣代缴义务人未代扣代缴的处理，按国税发[2003]47号文件规定，给予处罚并责成扣缴义务人限期将应扣未扣、应收未收的税款补扣或补收，但对未扣缴的个人所得税不会加收滞纳金。
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根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)的规定，一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，①如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(以下统称《证明单》)，作为增值税进项税额的抵扣凭证。
②如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票的发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票的发票联认证，专用发票的发票联复印件留存备查。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。因此，可对照上述两种情况办理抵扣手续。
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