根据中发〔2014〕5号文件的精神，结合新疆实际，将年度可用补贴总额的10%用于向南疆四地州(阿克苏、喀什、克州、和田)基本农户(含村集体机动土地承包户，下同)兑付面积部分补贴，90%用于兑付全区实际种植者交售量部分补贴。
(一)补贴对象
交售量部分补贴对象为全区棉花实际种植者。主要包括：基本农户和地方国有农场、司法农场、部队农场、非农公司、种植大户等各种所有制形式的棉花生产者(以下简称农业生产经营单位)。面积部分补贴对象仅为南疆四地州基本农户。
(二)棉花种植面积的申报、审核
由自治区农业厅负责修订《自治区棉花种植面积统计核查实施方案(试行)》。南疆四地州要根据此方案，合理制定本地基本农户面积核实操作办法。同时，对果棉、粮棉间作的，应区分不同树龄、树冠、品种制订折实间作面积标准。
棉花种植面积采取种植者申报审核制。6月初，基本农户向村委会申报棉花种植面积，村级全面核实公示，乡(镇)复核，县(市)、地(州)两级自查，自治区、地(州)联合抽查，核实认定。农业生产经营单位向所在县(市)的农业、财政、统计、国土部门申报棉花种植面积，同时出具土地利用现状图、实际种植该地块的证明等材料。县(市)人民政府组织农业、统计、国土、司法等部门全面核实，自治区、地(州)联合抽查、核实。
棉花种植面积核实认定后，由乡(镇)人民政府、村委会在新疆棉花管理信息平台(以下简称信息平台)中录入基本农户种植信息，县级农业部门在信息平台中录入农业生产经营单位种植信息。种植信息由应包含基本农户和农业生产经营单位的补贴受益人及相关利益人的基本信息、核实认定的棉花种植面积等信息。
农业、国土、统计、国家统计局新疆调查总队等部门应加强对棉花种植面积的统计调查工作，为兑付补贴资金打好基础。
(三)籽棉交售
基本农户和农业生产经营单位将籽棉交到经自治区资格认定的棉花加工企业，棉花加工企业购进的籽棉应依法取得普通发票或开具收购发票。棉花加工企业应将植棉户交售籽棉的籽棉毛重、单价、衣分率、回潮率、含杂率和结算重量等信息如实录入信息平台，备注相关信息的发票信息联，签章后交付植棉户。
(四)交售信息的统计
次年1月31日为交售信息统计的截止时间，植棉户应在此之前将籽棉交售到棉花加工企业，此后交售的棉花不纳入补贴统计范围。交售量的统计信息由信息平台统计生成，并于2月3日前反馈各地。
(五)在库公检
皮棉实行在库公检制度。棉花加工企业将加工的皮棉全部存入经自治区资格认定的新疆棉花专业监管仓库，由专业纤维检验机构在库进行重量检验、逐包抽取品质检验样品(以下简称取样)并进行品质检验样品的仪器化公证检验(以下简称后续仪器化公证检验)。纺织企业收购、加工自用棉，在纺织企业库房进行监管，接受重量检验、取样及后续仪器化公证检验。引导企业参与专业仓储的建设，在有条件的棉花加工企业设立监管区域，实行同等的监管要求，进行专业仓储和公检。增加建设仪器化公证检验实验室，与专业监管仓库布局相匹配。
为保证监管棉花在库公检工作的顺利实施，中央财政按据实结算方式，及时将新疆棉花入库公检经费拨付承检单位所在的省、自治区、直辖市、计划单列市财政部门。
(六)补贴资金的拨付、兑付
当年9月30日前，财政部根据预算安排情况及预测的市场价格、新疆棉花产量，预拨部分补贴资金一次。12月上旬国家发展改革委、国家统计局分别将监测调查的采价期内新疆棉花平均市场价格和新疆自治区农用地内棉花产量书面提供给财政部，财政部收到价格和产量数据后一个月内一次性拨付剩余补贴资金至自治区财政。自治区财政按总额5%的额度预留，机动补差。
建立健全预补贴机制。在国家预补贴资金到位后，自治区财政厅根据中央预拨自治区补贴资金总额，扣除预留资金后的10%以及自治区人民政府审定的南疆四地州基本农户棉花种植面积和全区已交售的籽棉量统计信息，测算亩均预拨补贴标准和交售量预拨补贴标准，会同发展改革、农业、国土、统计部门拟定棉花目标价格补贴资金分配方案。补贴资金分配方案经新疆棉花目标价格改革试点工作领导小组审议，报自治区人民政府审定后，由自治区财政厅负责拨付补贴资金。
次年2月底前，自治区财政厅根据国家清算的剩余补贴总额以及自治区人民政府审定的南疆四地州基本农户棉花种植面积和次年1月31日前交售量统计信息，会同发展改革、农业、国土、统计部门拟定各地(州、市)棉花目标价格补贴资金方案。其中，特种棉(包括长绒棉和彩棉)的目标价格补贴标准(产量部分)为陆地棉目标价格补贴标准(产量部分)的1.3倍。特种棉的种植面积和产量单独统计、单独上报。补贴资金分配方案经新疆棉花目标价格改革试点工作领导小组审议，报自治区人民政府审定后，由自治区财政厅负责拨付补贴资金。
乡(镇)财政部门和县(市、区)财政部门结合比对信息平台基础数据和植棉户提供的税务票据，以“一卡通”或其它形式将补贴资金兑付到棉花实际种植者。
实行棉花目标价格补贴信息公示制度。基本农户棉花种植面积和籽棉交售量等补贴信息在村级全面公示，农业生产经营单位相关信息在种植地所属乡镇和县农业局等处公示，每次公示时间不得少于5个工作日，公示期间，县(市)、乡(镇)纪检监察机关负责对公示过程进行监督。公示内容主要包括种植户信息、棉花种植面积信息、交售量信息等，乡(镇)人民政府、县农业局收集和保存公示影像资料。
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