继续实行籽棉加工企业资格认定制度。非资格认定的棉花加工企业不纳入信息平台统计范围。收购加工的棉花应如数发送棉花专业监管仓库在库进行公检，在库检验的成包皮棉公定重量作为核定企业收购籽棉加工的皮棉公定重量和棉花运输补贴的依据。对不如实标注、籽棉收购总量折算皮棉后大于或低于公检量4%及以上，且没有充分合理理由的，自治区发展改革委取消其加工资质，纤检部门停止其公证检验。相关部门将对违法行为进行处罚，触犯刑律的，移交司法机关处理。
(一)认定标准
棉花加工企业资格认定必须符合以下条件：
1.在疆内从事棉花加工的企业，须获得工商行政管理部门颁发的《营业执照》或《企业法人营业执照》、自治区发展改革委颁发的《棉花加工资格认定证书》和自治区纤维检验局颁发的《棉花加工企业质量保证能力审查认定证书》。实行“一线一证”，即：一条棉花加工生产线须具有一个《棉花加工资格认定证书》。
2.诚实守信，合法经营，法人治理结构完善，财务状况良好;正常开展棉花收购、加工经营活动，收购籽棉未出现 “打白条”行为;加工的皮棉按规定时间全部发运到指定的经资格认定的棉花专业监管仓库，接受监管并在库进行重量检验、取样及后续仪器化公证检验;纺织企业收购、加工的自用棉，须在纺织企业库房进行重量检验、取样及后续仪器化公证检验;定期向自治区发展改革委上报企业棉花收购、加工、销售和库存等购销运行情况。
3.能与信息化平台和税务部门联网，在经营活动中按照现行税法规定开具、取得发票，不得虚开发票。
4.遵守有关法律法规、规章制度关于棉花质量监督和市场管理的规定，未出现严重质量违法行为或其他违法经营行为。未发生伪造、变造、冒用《棉花加工资格认定证书》、棉花质量凭证、公证检验证书、公证检验标志及其他检验标志、标识的行为。
(二)认定流程
1.各地(州、市)发展改革委会同财政局、质监局(纤检所)、工商局、国税局及农发行，共同配合，按照认定标准提出企业初选名单在每年4月底前上报自治区发展改革委。
2.自治区发展改革委会同自治区财政厅、质监局(纤检局)、工商局、国税局及农发行联合审查并确定企业名单，并在每年5月底前在各部门门户网站予以公示，接受社会监督。公示期为10个工作日，公示期满后由自治区资格认定机关分批次对符合条件的棉花加工企业核发带有统一编号的牌匾,有效期为两年。
3.对棉花加工企业实行动态管理和不定期检查制度。在棉花收购、加工期间，各地(州、市)发展改革委、质监局(纤检所)、工商局、国税局及农发行对企业实施动态监管，据实上报棉花收购、加工、销售和库存等经营有关情况。
4.棉花加工企业在申请资格认定时，应向审批机关备案籽棉代收点信息。设立的籽棉代收点为棉花加工企业的外派机构(部门)或具备棉花加工企业的委托书，以棉花加工企业名义开展经营，有固定收购场地并达到防火要求。棉花加工企业和代收点不在同一县(市)的，应按现行税法规定办理税务登记和其它涉税事项。棉花加工企业对代收点负有管理义务，承担籽棉代收点全部法律责任。若代收点出现不给开具或虚开发票等违规行为，主管部门将及时取消棉花加工企业资格认定。
(三)资格认定的退出机制及相关处罚
经资格认定的棉花加工企业如出现以下情形之一的，经自治区发展改革委、质监局(纤检局)、工商局和国税局核查属实，取消其棉花加工资格及相关资质。
1.发生税法规定的虚开发票行为，达到少缴税款、恶意套取补贴的;
2.恶意修改棉花品质、重量、条形码等信息，套取补贴资金的;
3.在籽棉收购中压级压价、不如实标注有关检验数据，且情节严重的;
4.加工好的皮棉未按规定时间全部送到指定的棉花专业监管仓库(自用棉除外)，未进行仪器化公证检验的;
5.通过采购新疆以外的籽棉，以及购买区内外皮棉、进口棉，蓄意套取补贴资金的;
6.直接参与、操纵“转圈棉”套取补贴资金，或恶意收购疆外棉的;
7.收购棉花期间，未按要求在厂区门口等明显位置悬挂带有统一编号的棉花目标价格改革加工企业资格单位牌匾的;
8.伪造、变造、冒用、转借、自行悬挂棉花目标价格改革加工企业资格单位牌匾的;
9.使用擅自扩建增加的生产线(即“一证多线”)从事棉花加工活动的。
10.棉花加工企业对其籽棉代收点不认真履行管理义务，致使籽棉代收点不符相关规定，在收购籽棉过程中严重违规，情节严重的。
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