新疆棉花目标价格改革试点工作领导小组负责组织开展棉花目标价格改革试点工作，领导小组的职责：贯彻落实中央关于新疆棉花目标价格改革试点工作的决策部署，研究制定相关改革政策，会商改革试点中出现的问题，指导试点工作的组织实施，加强对试点工作的督导检查。领导小组各成员单位按照分工各司其职，认真开展工作。领导小组办公室设在自治区发展改革委，负责领导小组日常工作。
区、地、县、乡四个层面分别建立会商协调机制。实行定期会商和不定期会商相结合的形式，原则上自治区层面的定期会商在棉花收购期(每年9月至12月)每周举行一次，主要是会商日常工作中的常态性事项。遇重大事项或突发性专项工作随时进行不定期会商。
1.设立监督电话，畅通投诉举报渠道。自治区财政厅、农业厅设立棉花目标价格改革试点工作监督电话，并通过新疆卫视、新疆日报等主流媒体和网络向全社会公布。各地州、县市的各级财政、农业部门均需设立补贴监督电话，并在当地主要媒体及植棉乡镇公布，接受群众监督。有关部门要认真受理群众涉棉投诉举报，及时处理有关问题。
2.建立补贴公示和档案管理制度。实行棉花种植补贴村级公示制，建立补贴档案管理制度，指定专人负责，以备查询。
3.坚决杜绝补贴面积虚报、漏报现象发生。对于南疆基本农户出现虚报面积套取补贴的情况，经查实后取消其当年补贴资格。对棉花加工企业虚开收购发票、或农业生产经营单位向棉花加工企业虚开普通发票、或基本农户、生产经营单位私自篡改籽棉交售票据冒领补贴的，严肃查处，追缴其非法所得，触犯法律的追究其法律责任。各有关部门应及时组织有关人员调查核实受理问题，若情况属实，对造假有关责任人和负责人进行严肃处理。
4.严厉打击利用疆外棉套取国家补贴的行为。凡是参与利用疆外棉套取国家补贴的植棉户取消当年补贴资格，追缴其非法所得，触犯法律的追究其法律责任。对恶意收购疆外棉的棉花加工企业，取消资格认定并向社会公布。
5.各级地方政府要采取有效措施，防止将农用地外其它性质的土地上的棉花种植者纳入基本农户范围。
6.县、乡两级政府要加强对设在当地的棉花加工企业代收点进行监管，对于没有棉花加工企业委托书，没有固定收购场地，没有达到防火要求的代收点要予以取缔。籽棉收购期，要加强代收点的安全检查，规范其收购行为。如发现代收点不给开具或虚开发票等违规行为，要及时向地州棉花目标价格领导小组反映。
7.加强部门协作，充分发挥发展改革、财政、税务、工商、质监、统计、供销等相关部门的监管职能，完善监管机制，加强各环节监管，加大对违规企业和生产经营主体的惩戒力度，避免出现收购环节中的虚开发票、“转圈棉”等问题。建立健全棉花生产经营数据信息平台，涵盖种植信息、籽棉交售信息、皮棉加工信息、税务票据信息、入库公检信息和一卡通信息等。通过平台完成种植面积、销售数量、价格、加工能力的数据采集和综合分析，实现籽棉收购量与皮棉加工量的有效监控。
8.棉花收购期由发展改革、财政、农业、质监、工商、税务、统计、交通、铁路、供销等部门抽调骨干人员组成督查组到各地进行督查，及时发现工作中存在的问题。对棉花加工企业收购时使用籽棉交售票据情况、收购量、公检量等情况进行监督检查，发现问题及时整改，确保政策的顺利实施。
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