根据《劳动争议调解仲裁法》确立的原则，最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(三)》第九条明确：“劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。”
首先，加班事实的举证并不适用举证责任倒置。因为人不可自证其无，若将加班事实列入举证责任倒置的范围，由用人单位举证，当用人单位不提供加班证据或提供不出否认加班事实的证据，则推定劳动者所称的加班事实成立，这样既缺乏法律依据，也会诱使劳动者不顾客观实际随意主张加班费，其实目前在司法实践中也往往是由主张加班费的劳动者初步举证。
其次，考虑到行使管理职能的用人单位与劳动者接近或掌握加班证据的能力不同，在举证程度上可适当减轻劳动者的举证责任。只要劳动者一方提出的初步证据可以证明有加班事实，即可视为其举证责任已完成。举证范围可以是考勤表、交接记录、加班通知，也可以是工资条、证人证言等。
第三，当劳动者举证加班事实的证据由用人单位掌握，经其举证后，举证责任就转移到了用人单位，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。
另需注意，《工资支付暂行规定》规定，“用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。”实践中法院和仲裁机关也无法苛求用人单位保留多年以前支付加班费的证据，而只要求用人单位举证争议发生之日前两年的证据，超过这一期间，就按照“谁主张，谁举证”的原则分配举证责任。
如果解除的事实成立，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》，用人单位对于离职的类型负有举证责任。司法实践中，有关部门会审查由谁提出解除;属于双方协商解除，还是劳动者单方解除，还是用人单位单方解除。按目前法律规定，劳动者单方解除均应通知用人单位，劳动者未通知用人单位自行离开，用人单位可按劳动者单方解除处理的规定。此外，用人单位承担劳动管理的职责，因此，谁提出解除，属于何种解除形式的举证责任应当由用人单位承担。
如果用人单位对劳动者本人辞职或自动离职的事实未能提供相应证据予以证明，且又未就解除劳动合同符合法律规定进行举证，可能被认定为用人单位违法解除劳动合同。用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行;劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
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