为规范管理，使单位与单位之间有可比性，对于合理划分生产成本费用管理费用的界限要非常清晰，下列各项在生产成本中列支：
1、直接生产人员的工资(指工资总额)及按规定提取的福利费。
2、直接生产人员的劳动保护、防护用品及防暑降温费、值班被褥。
3、直接为生产耗用的各种材料、备品备件和低值易耗品等。
4、生产用房屋、建筑物及生产设备的修理费用。
5、固定资产折旧费。
6、因生产需要从外单位租入固定资产的租金。
7、水资源费及水文测报费。
除以上各项费用外，其余都在管理费用中列支。
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挂靠经营是一个比较特殊的社会现象，一般都发生在运输领域，主要源于相关行政部门统一管理的要求。由于国家对运输行业的资格有限制性规定，一些个体运输户往往需要通过挂靠企业来获取对外开展经营活动的许可，接受统一管理。交通运输业挂靠经营是以被挂靠人名义对外经营并承担相关法律责任，实际车主和名义车主往往不一致，车籍所在地、企业注册地和实际经营地也往往不一致。
对于挂靠经营，可逐步引导被挂靠企业回购挂靠个人实际拥有的车辆，个人再以承包形式经营，所实现的运营收入纳入企业收入核算，以企业取得的全部收入缴纳税款，发生的购车、油耗等费用由企业入账抵扣，车主的收益为收入与承包费的差额，企业承担相应的法律责任。这样名义车主与实际车主才能实现一致，纳税主体、管理体制和法律责任等主体明确，承担的社会责任也比较明晰。
同时，税务人员要加大日常监管力度，开发相应的车辆信息监控管理软件，将所有运输企业的车辆信息纳入监管。税务机关可与交通部门联合制定或确认车辆每月实现运费的最高限额，根据货运纳税人的运力采集信息和开票申报数据，建立相关风险指标，实施限额控制。加强代开发票的管理，在以票管税的同时，有针对性地实施纳税评估和税务稽查。
销售额难以确定。按照目前税收政策，年应税销售额满500万元的纳税人，应申请办理一般纳税人资格认定手续，未在规定期限内申请办理一般纳税人认定的，按照11%的增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用专用发票。对于挂靠经营认定一般纳税人的销售额如何确定，是以被挂靠企业收取的管理费确定，还是以所有挂靠人的运输收入确定?政策未予以明确。
有效凭证难以取得。挂靠车辆所有权不属于被挂靠企业，被挂靠企业无法计提车辆的折旧费用，无法取得经营过程中的其他成本、费用票据，相应的进项税无法扣除。如果按照规定对被挂靠企业按增值税税率11%计算应纳税额，企业税负将会大幅增加。大部分被挂靠企业均以收取挂靠人的管理费计收入，而经营过程中发生的购车、汽(柴)油和修理修配等费用全部由挂靠人承担。挂靠人难以按增值税管理要求取得合法有效凭证。
虚开发票风险增多。未实行“营改增”前，被挂靠企业均以交通运输业开具货运发票，按3%缴纳营业税，一定程度上规避了货运发票虚开的风险。实施“营改增”试点后，交通运输业和部分现代服务业允许抵扣进项税额。如果被挂靠经营企业被认定为一般纳税人，但仅为挂靠人代开专用发票，不对挂靠人开展进项税管理和财务核算，就有可能成为“开票公司”，出现虚开增值税专用发票风险。
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