近年来，因劳动报酬引发的劳动争议不断攀升，其中又以加班工资争议居多。对于加班工资争议的处理，在企业管理与劳动争议仲裁和司法实践中存在不同认识，这也给相关争议的处理带来了难度。2016年1月8日，北京市劳动和社会保障法学会劳动法分会举办了“聚焦加班工资问题”的劳动关系法律与实践专题研讨会，来自政府部门、法院、仲裁、企业、工会等近百名嘉宾对加班工资问题涉及的法规、行政审批、基数计算等进行了多方探讨。
北京市中伦文德律师事务所律师胡洁认为，随着社会竞争的日趋激烈，人们生活节奏的加快，“加班”似乎已经成为现代企业一种常见的工作形态，因加班管理所引起的劳动争议案件也占有很高的比例。劳动者的休息权是通过工作时间和休息时间体现出来的，如有的学者所言，所谓加班费问题是指劳动者因用人单位占用其休息时间安排其工作而没有按照规定支付加班费所引发的劳动争议，其实质是用人单位对劳动者依法所享有的休息权的侵害。
按照《劳动法》第41条规定,“用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时，因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。”因此，加班是为了完成应持续性经营需要或偶尔出现的额外工作，而不能是常态化的工作，否则就失去了“八小时工作制”的意义。
胡洁认为，即使支付足额的加班费，企业也不应当长期安排劳动者加班，过度劳动会使劳动者的劳动积极性大为降低，导致工作效率降低，此外还会引发法律风险。《劳动法》第90条规定, 用人单位违反本法规定，延长劳动者工作时间的，由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可处以罚款。所以，加班应该是非常态化的，企业需要与劳动者协商一致，加班需要支付超出正常工作时间的工资，以补偿劳动者的休息时间。即便如此，过度加班依然会受到法律的限制。
北京市海淀区劳动人事争议仲裁院仲裁员徐婷介绍，特殊工时制度作为主流工时制度即标准工时制度的补充，其存在具有相当大的必要性。在实践中尚有一些未经劳动行政部门审批的企业滥用特殊工时制，甚至打着“特殊工时制”的旗号变相克扣员工工资，延长加班时间，若不严格把握特殊工时制度的适用范围，将严重损害劳动者的合法权益。按照法律规定，适用特殊工时制度的企业必须履行行政许可程序。
徐婷认为，本市行政区域内的企业以及外地企业在京设立的分支机构，需要实行特殊工时制度的岗位，必须经过行政许可，否则企业的特殊工时制度必须废止。同时，在实际工作中，企业需要特别注意的是：企业法人名称发生变化的、综合计算工时工作制或不定时工作制批准实行时限已满的、企业实行综合计算工时工作制和不定时工作制的工种岗位发生变化的，必须重新申报，经过区、县劳动和社会保障局批准实行不定时工作制和综合计算工时工作制。
《劳动法》第39条规定，企业因生产特点不能实行本法第36条、第38条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。这里所说的“其他工作和休息办法”主要是指特殊工时制度中的综合计算工时制和不定时工时制。如部分旅游、渔业、海运等行业受季节、资源等条件限制，需要集中作业;铁路、邮政、电信等行业中，部分中断作业可能会影响社会公共利益，对于上述相关岗位，企业可申请实行综合计算工时工作制。一些岗位需要机动作业，或由劳动者自主安排工作时间，企业可申请实行不定时工作制。
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