随着增值税发票管理新系统的全面推行，具备了取消增值税发票认证的基础条件。2016年3月起，税务总局决定取消纳税信用A级纳税人发票认证，5月起扩大了取消发票认证的纳税人范围。相应地需要对红字专用发票开具规定中与发票认证相关的内容进行修订。自2016年7月1日起货物运输业增值税专用发票停止使用，需要废止原开具红字货运专用发票的相关规定。
增值税一般纳税人开具增值税专用发票(以下简称专用发票)后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，按以下方法处理：
(一)购买方取得专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在增值税发票管理新系统(以下简称新系统)中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》(以下简称《信息表》)，在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。专用发票未用于申报抵扣、发票联或抵扣联无法退回的，购买方填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
销售方开具专用发票尚未交付购买方，以及购买方未用于申报抵扣并将发票联及抵扣联退回的，销售方可在新系统中填开并上传《信息表》。销售方填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
(二)主管税务机关通过网络接收纳税人上传的《信息表》，系统自动校验通过后，生成带有“红字发票信息表编号”的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。
(三)销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在新系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。
(四)纳税人也可凭《信息表》电子信息或纸质资料到税务机关对《信息表》内容进行系统校验。
税务机关为小规模纳税人代开专用发票，需要开具红字专用发票的，按照一般纳税人开具红字专用发票的方法处理。纳税人需要开具红字增值税普通发票的，可以在所对应的蓝字发票金额范围内开具多份红字发票。红字机动车销售统一发票需与原蓝字机动车销售统一发票一一对应。
按照《国家税务总局关于纳税人认定或登记为一般纳税人前进项税额抵扣问题的公告》(国家税务总局公告2015年第59号)的规定，需要开具红字专用发票的，按照本公告规定执行。
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