考虑到棉花目标价格补贴试点政策效果较好、市场主体满意度较高、地方政府对政策比较认可、新疆特殊区情等多方面因素，建议继续在新疆地区实行棉花目标价格补贴政策。对于存在的问题需要通过调整目标价格定价机制、完善补贴方案等逐步解决。
1.完善棉花目标价格确定方法。为更多发挥市场价格信号对棉花生产的引导作用，兼顾财政承受能力和补贴的可持续性，建议进一步完善棉花目标价格水平确定方法。主要思路是降低目标价格对净收益的保障程度，逐步使目标价格向保本微利的水平靠近，引导棉花生产向优势产区、优势品种集中。
2.完善补贴挂钩机制。为符合世贸规则要求，参考其他国家做法，建议中央财政对地方政府目标价格补贴的数量依据由当年棉花统计产量调整为固定产量(或基期产量)，实现补贴与生产“半脱钩”，争取将补贴政策纳入“蓝箱”补贴范畴。
3.约束补贴上限。目前的补贴方案中无论基本农户还是经营单位都能够获得相同的补贴。但相比基本户，经营单位无论在资金实力、抗风险能力、获利能力等方面都要高很多，如果完全等同于基本农户平等的享受国家政策有失公平。且对于经营单位来说，判断和承担市场风险是其开展经营行为的先决条件。建议未来在补贴方案上对基本农户和经营单位区别对待，根据南北疆不同情况，对经营单位享受补贴的规模上限进行限制。
4.调整完善内地定额补贴机制。鉴于内地棉花定额补贴效果一般，建议调整目前内地的补贴机制，从“普惠性”向“特惠性”转变。棉花是耐旱、耐盐作物，在作物结构调整和环境保护中具有重要作用。今后可重点支持华北漏斗区、黄河三角洲盐碱地、苏北盐碱地及部分具有植棉优势的区域发展棉花生产。
目标价格政策是在市场形成农产品价格的基础上，通过差价补贴保护生产者利益的一项农业支持政策。如果市场价格高于政府制定的目标价格，则补贴政策不启动;如果市场价格低于目标价格，农民随行就市，其中市场价格与目标价格之差由政府补贴给农户。
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