纳税年度内个人投资者从其投资企业(个人独资企业、合伙企业除外)借款，在该纳税年度终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，其未归还的借款可视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。
《国家税务总局关于印发<个人所得税管理办法>的通知》(国税发〔2005〕120号)文规定：关于强化对个体工商户、个人独资企业和合伙企业投资者以及独立从事劳务活动的个人的个人所得税征管规定：加强个人投资者从其投资企业借款的管理，对期限超过一年又未用于企业生产经营的借款，严格按照有关规定征税。
印花税暂行条例施行细则第七条规定，税目税率表中的记载资金的账簿，指载有固定资产原值和自有流动资金的总分类账簿，或者专门设置的记载固定资产原值和自有流动资金的账簿。其他账簿，指除上述账簿以外的账簿，包括日记账簿和各明细分类账簿。
《国家税务总局关于资金账簿印花税问题的通知》(国税发〔1994〕25号)规定，生产经营单位执行《企业财务通则》和《企业会计准则》后，其“记载资金的账簿”的印花税计税依据改为“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额。其“实收资本”和“资本公积”两项的合计金额大于原已贴花资金的，就增加的部分补贴印花。
《企业会计准则——应用指南》附录：《会计科目和主要账务处理》规定，“实收资本”科目核算企业接受投资者投入的实收资本。
将注册资本实缴制改为认缴制，按实缴额贷记实收资本，未缴足的部分不在实收资本科目反映，同时按照实缴额贷记实收资本缴纳印花税，千万别别对未收到的注册资本做“借：其他应收款，贷：实收资本”账务处理，不仅要按照实收资本金额提前缴纳印花税，还有“其他应收款”的余额变成股东借款，超期未缴纳个人所得税(金额*20%)。
“三证合一”后，一些涉税信息如税种、票种登记等需要税务机关补录，才能纳税申报和购买发票，纳税人与税务机关接触最多的可能是申领发票，发票管理将取代税务登记，成为整个税收管理的基础。
《国家税务总局关于创新税收服务管理若干问题的意见》(税总发〔2014〕85号)规定，初次申领普通发票数量应控制在一个月用量或省税务机关确定的初次领用数量范围内。对纳税信用好、税收风险低的纳税人可适当放宽，但最多不得超过省税务机关确定的最高领用数量，省税务机关未确定最高领用数量的，最多不得超过三个月使用量。
对新开业的一般纳税人，税务机关可按照纳税人生产经营规模、经营模式、行业特点、开具发票特殊性等因素设置增值税专用发票基本月供应量，申领超过基本月供应量的纳税人，需向税务机关提供相关证明材料。对小规模纳税人(包括个体工商户)第一次申请发票增量时，可以要求其法定代表人或者财务负责人到场。对新增纳税人已领用发票却未及时申报等情况，采取停止供应发票、实地核查等应对措施。对列入企业异常名录的纳税人采取停供发票措施。同时，税务机关对专用发票系统进行升级，而且推行电子发票，可以通过网络实时监控和掌握纳税人的发票开具信息。
“三证合一”后，税务机关应当分类处理纳税人清税申报，根据企业经营规模、税款征收方式、纳税信用等级指标进行风险分析，对风险等级低的当场办结清税手续;对于存在疑点情况的，企业也可以提供税务中介服务机构出具的鉴证报告。税务机关在核查、检查过程中发现涉嫌偷、逃、骗、抗税或虚开发票的，或者需要进行纳税调整等情形的，办理时限自然中止。在清税后，经举报等线索发现少报、少缴税款的，税务机关将相关信息传至登记机关，纳入“黑名单”管理，将影响企业信用。
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