我国税务风险内控机制的诞生，经历了较长的酝酿过程。2009年5月5日，国家税务总局印发《大企业税务风险管理指引(试行)》，要求企业“结合自身经营情况、税务风险特征和已有的内部风险控制体系，建立相应的税务风险管理制度”，“应把税务风险管理制度与企业的其他内部风险控制和管理制度结合起来，形成全面有效的内部风险管理体系”。此后，税务风险内控体系才真正被我国税务机关和大企业所重视。
当前，我国大企业税务风险内控机制建设存在以下问题：
一、大企业税务内控机制的配套制度不够完善。我国关于税收管理的理论实践起步较晚，截至目前，尚没有一部完整法律来指导大企业的税收风险内部控制机制的建立。
目前，征管法及现有相关法律法规均没有大企业建立税务风险内控体系的强制性要求，也没有明确的鼓励措施，总局下发的规范性文件，突出的是指导、引导功能，强制性不足。
二、大企业内控机制建设尚处于较低水平。企业决策层的税务风险认识不足。调查发现，多数企业对遵守税收法律法规进行了培训及宣传，但缺乏系统的规定，不够全面，缺乏足够的权威性。对于涉税风险没有系统地进行跟进和处理，最终导致这些准则和守则“说在嘴上，印在纸上、挂在墙上”。部分企业决策层没有从公司战略层面考虑税务风险控制，认为依法纳税是财税部门的事。企业决策层对税务风险整体管控缺乏战略认知和考虑，对税务风险的危险性认识不足，存在产生税务风险的隐患。
此外还有些企业设置的部门机构及职责较混乱。如有的企业设置了专门的税务风险内控部门，有的企业设置了风险控制部门，有的则是两部门并存。防范税务风险的责任落实也主要集中在相关部门机构，有的在财务部门，有的在内审部门，与其他部门缺乏联系，统筹不足，削弱了企业防范税务风险的整体效能。
三、税务机关推进大企业内控机制建设力度不足。一方面现行管理体制尚不健全。目前，总局虽已明确总局和省级大企业管理部门的职责，但在市、县级地税机关还没有相应的大企业管理机构，各级大企业管理部门与同级征管、稽查、税政、纳税服务等部门在管理对象、具体职能和业务关系上存在交叉，仍有待进一步的划分和梳理。
另一反面，税务机关的服务、管理能力和经验有待提升。税务机关受人员、涉税信息、信息化水平、风险指标模型质量等因素影响，无法准确、全面、系统地识别大企业存在的涉税风险，形成风险评估报告，通过定期反馈至企业，引导企业合理规避、控制和防范这些风险。
大企业组织结构复杂，具体生产经营项目多，信息化应用程度高，技术、组织和管理创新的能力都很强。基层税务人员大部分精力用于催报催缴、日常巡查、资料整理等日常事务性工作，很难有大量时间、精力进行税收分析、纳税评估、日常检查等前置性风险排查工作，导致精细化管理与服务难以到位。
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