毋庸置疑，加班工资在个人总收入中占有较大比重。然而，通过付给加班工资来解决职工工资收入的差异，就会使工程技术部门和辅助部门存在较多弊端。这是因为：
1、由于加班工资在工资总额中占的比例较大有时甚至以倍数计算，许多部门主管并非根据实际工作需要对雇员的加班进行调整，而是将加班工资误用作调整雇员工资收入的手段。
2、统一固定加班时的制度，不能弹性地处理加班的需要，造成平均主义，无法体现按劳分配的原则。总体加班费用支出大，致使雇员整体收入拉低。表现出内部分配的不公平以及与市场的较大的收入差异。
3、大多数雇员对比收入水平时都会将固定的工作时间作为主要的参数。从固定工作时间的角度来看，公司工作时间偏长;而实行责任制的公司，平时工作每天8小时，任务紧急的情况下无偿加班。因此，实行责任制的公司固定工作时间要少，但完成的工作任务并不少。雇员在非规定工作时间的工作贡献应以个人表现的形式在年度薪酬调整中给予考虑。
四、 组织结构滞后，岗位不明晰，导致升职加薪不科学
由于缺少科学、客观的评价标准，职位界定不清晰，岗位说明流于形式。，升职与加薪基本上靠各管理者主观掌握，裙带关系以及溜须拍马盛行，导致以下几种现象出现：
1、同一个人可能连升三级，但从事同样工作;2、部门中从事相同工作的职员可以有好几个不同的级别，薪酬相差更是五六倍;3、生产性部门一个主管可以只负责管理十来个工人，而一个助理主管却有好几个助理是其下级，负责管理上百人;4、一个两百号人的工序可以有四十多个管理人员。
岗位不明确导致各人责权利的不对等，从而也使内部的薪酬严重失去平衡，使薪酬矛盾加剧。
年资成为付酬导致清洁工可以拿比大学生还高的工资，也形成了同一工作岗位上不同两人收入相差上倍的咄咄怪事。年资浅的雇员收入水平与市场水平差别较大，普通严重偏低，造成流失频繁;年资长的雇员中部分高于市场水平，并且是连续增长，缺少控制;这种情况的个别高薪与低薪同时存在，造成工资分布两极分化。
1、年资长的雇员普遍与职位要求的教育水平相比偏低，但这部分雇员经验较好而且相对较稳定，流失少。
2、年资浅的雇员尽管大部分教育水平符合职位要求，但流动性大，积累的工作经验不多，形成公司中长年资而又具有较高教育水平的雇员不足。
3、年资长有经验的雇员教育水平不足，教育水平符合要求的雇员年资浅经验不足，从而造成公司人员素质水平严重失衡，后继乏人，对公司长远的发展存在着负面的影响，难以提高公司的整体企业文化和管理水平。
因此，一个追求高效率的公司会鼓励员工的持续贡献，但绝不应让年资左右一个人的工资水平。
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