随着社会的发展以及企业内外环境的变化，传统预算管理方法的有效性在不断地受到来自然界和理论界的质疑和批评，管理咨询专家认为，传统预算管理的确存在一些弊端，但预算管理作为现代企业管理的奠基石，其对企业管理的重要性是毋庸置疑的。
(1)传统预算基于“单一成本动因”，影响成本控制与业绩考核的合理性
由于传统预算基于“单一成本动因”，预算制定时费用分配基础单一，不能很好体现资源耗费、企业动态业务过程和成本之间的因果关系;不能正确分析实际绩效与预算指标之间形成差异的原因，影响了成本控制与业绩考核的合理性，且传统预算通常把目标设为减少费用，并不注重如何减少费用。这样就使预算失去了其管理的意义，无法为实现企业价值服务。
(2)传统预算管理与企业发展战略相脱节
企业战略是企业面对复杂而又激烈变化的经营环境为求得长期生存和不断发展而进行的总体性规划。战略是企业的灵魂，在整个现代企业管理中居于核心地位。然而，传统的预算管理以年度利润为目标，没有把预算管理与企业的战略联系在一起，形成重视短期行为而忽视长期行为的弊端，使短期的预算目标与长期的企业发展战略不相适应。
(3)传统预算指标不科学
传统预算只注重财务指标，对企业经营活动全部以价值指标进行预算，而对如产品质量、生产效率、客户信誉等一些重要的非财务指标很难进行预算安排，也无法控制这些指标。
管理咨询专家认为全面预算管理是为数不多的几个能把组织所有关键问题融合于一个体系之中的管理控制方法之一。
(4)传统预算掩盖了以往资源使用的浪费和低效
传统预算通常是在上年度预算执行情况的基础上，考虑到预算期内各种因素的变动，相应增加或减少有关资源项目的预算金额，以确定未来一定期间的预算，这样就很容易将上年的资源浪费情况进一步延续下去。
(5)传统预算范围狭窄，很不全面
传统预算法往往以生产成本预算为重点，忽略对研发、营销、售后服务环节的预算。传统预算控制只局限于企业内部，没有把企业、供应商、顾客之间的连接关系纳入控制范围。
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