2016年5月，中国棉花协会棉农合作分会和新疆华泰专业合作社，分别对内地12个省和新疆自治区310个县(市、团)2971户农户进行了2016年植棉实播面积及播种进度、棉苗生长情况的调查。调查结果显示：5月全国大部棉区处于出苗期，棉花春播(栽)工作基本结束。按照被调查棉农植棉面积加权平均计算，全国植棉面积为4129.6万亩，较2015年减少10.1%，与前期预测持平;其中新疆植棉面积减少6.3%，黄河流域与长江流域面积分别减少19.1%和15.1%。
5月，长江流域棉区强降水过程频繁，部分棉田出现渍涝灾害，不利棉花生长，强降水导致部分地区遭受洪涝灾害，部分棉田受淹，多雨寡照也造成棉花幼苗生长迟缓、长势偏弱。因长期的阴雨，小麦和油菜的收割推迟，直接导致棉花移栽延后，截止5月底，该流域播种进度为94.64%，同比减慢了3.4个百分点，仍有少量棉花没有移栽;同时低温阴雨寡照，还使得移栽后的棉苗缓苗期较长，生长缓慢，甚至出现僵苗死苗现象。苗情总体长势远差于去年，病虫害发生稍重与去年同期，主要为立枯病和少量的炭疽病和褐斑病。
截止5月底，全国棉花播种进度为99.08%，较上年同期下降了0.58个百分点，其中新疆棉区和黄河流域播种全部完成，长江流域部分地区受天气条件影响，移栽进度有所推迟。全国近73%的棉苗处于4-8片真叶期，个别地区进入现蕾期，大部棉区棉花发育期接近常年或偏早，新疆部分棉花发育期偏晚，苗情以一、二类苗为主。病虫害发生程度总体较轻，其中病害较轻的占到65.5%;虫害较轻的占52.7%;苗情较好的达到23.2%。
5月受不利天气的影响，新疆棉区棉花长势不足、苗情整体弱于常年，现蕾较晚。月内部分棉区遭受罕见的低温、多雨、扬沙天气，棉花长势受到不同程度影响。全疆近60%的棉苗处于4-8片真叶期，其中，北疆棉苗基本处于3-4叶一心，长势较慢，预计6月上旬进入蕾期;南疆棉花长势较好，棉苗处于6-8片真叶期，个别地区已经现蕾。今年全疆棉苗病虫害较轻，但灾害情况不乐观，被调查户中，认为病害较轻的占比64.9%，虫害较轻的占比64%;受异常天气的影响，全疆灾情较重的占比达到了63.9%，其中兵团受灾较重的占比更是接近70%，总体苗情差于去年同期，苗情较好的占总调查户的23.6%，同比下降43.25个百分点，苗情较差的占54.79%，同比增加40.06个百分点。
黄河流域截止5月底，棉花直播、移栽工作全部结束。本月该流域出现较明显降水过程，有效补充了棉田土壤水分，墒情明显改善，部分棉区旱情缓解，加之月内光温适宜，利于棉花幼苗生长。但河北中南部、河南北部、山东西部等地部分地区降水量不足，无灌溉条件地区墒情偏差，对棉苗生长不利。总体苗情长势差于去年，5月棉花病害发生程度轻于去年同期，主要是少量的枯萎病、立枯病和炭疽病。
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