种籽转基因抗虫棉，虽然没有打药除虫的烦恼，但是这种棉花在抗拒害虫的同时也抗拒益虫，使得棉花棉籽中不孕率提高。
8月11日，在第二届新疆纺织服装技术论坛上，中国工程院院士姚穆说，去年实际调研了新疆南北疆47块棉田，发现棉籽中不孕率上升很快，已达到12%，没有虫来给棉籽授粉。
据介绍，新疆从2012年开始推广转基因抗虫棉，到现在种植的90%的棉花都是转基因抗虫棉，包括内地也是一样，转基因抗虫棉得到迅速推广，“得以快速推广的原因是，培育出来的转基因抗虫棉产量高，农业部在审批种籽时将产量作为第一参考要素。”
目前，全国推广的转基因抗虫棉由中国自主培育，而此前种植的非抗虫棉，棉籽不孕率仅1%，“刚开始转基因抗虫棉产量确实高，但是现在看来转基因抗虫棉产量或将因为不孕率上升而下降，最主要是出现纤维质量下降。”姚穆表示。
姚穆发现，转基因抗虫棉棉花纤维正在变短变粗，因种籽的原因种出来的棉花成为变成了粗棉，取平均值计算，细绒棉可生产5000至7000公制支数，长绒棉生产9000公制支数以上，而现在的转基因抗虫棉可生产公制支数连4000都不到。因为棉纤维长度不够，做高织棉就变弱了。
提高新疆纺织服装行业竞争力，姚穆认为根源要从种植抓起：一是培育新品种;二是制定机采棉种植标准。“现在中国劳动力成本越来越高，而且愿意摘棉花的劳动力也越来越少，因此推广机采棉成为必然，但是现在新疆种植的机采棉成熟度不统一，一些棉花成熟过渡，一些棉花尚未成熟，影响棉纤维品质，同时在采摘时机器抓进很多杂质，使得棉纤维质量更难控制。”
一些机器甚至将棉杆、地膜都抓到棉花中了，“曾经有家企业给我抱怨说，一个200多公斤重的棉花包，要雇4个人来拣杂质，4个人要拣一天。”姚穆说。正是因为棉花纤维中杂质多，使得部分企业不敢用国产棉，想尽办法寻找进口棉。
据介绍，美国早早40年前就开始种植机采棉，机采棉最下层的果枝距离地面应高于18厘米，但目前新疆种植的机采棉最下层棉果枝距离地面只有10厘米，这样一机器采摘时将地上的地膜都抓进去了，“棉花枝条是斜着往上长的，采棉机采摘时抓手很容易将枝条抓进去，建议培育出枝条生平态势生长的棉花品种。”姚穆表示。
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