新疆棉花目标价格改革从2014年开始启动，至今已经进入第三年。经过我们综合评估，取得了重大成果。总体上看，新疆用棉花目标价格制度解决问题的方式是科学合理的，新疆棉花目标价格制度改革试点的效果具有可持续性和可推广性。
一是在理论上有创新，明确棉花具有特殊性，市场和政府都要发挥作用，市场决定价格，政府决定补贴。
二是在实践中解决了问题，包括国家以高价临时收储棉花、库存棉花不断增加、财政潜亏增加和不合理地抬高了下游纺织等企业的原料成本、低价进口棉花进入国家库存等，实现了补价分离、国内外棉花价格接轨，保护了农民利益，帮助了纺织业发展，发现了真实情况，促进了 “有毒产能”退出。
三是开创了我国农业支持保护政策的新机制，建立了一种新型的市场损失补助制度，财政资金使用的针对性、效率和可控性大幅提高。
新疆通过组织实施棉花目标价格改革试点，已形成了一套独特、完整、重要而宝贵的经验做法，主要是坚持注重顶层设计与“摸着石头过河”相结合、坚持加强组织领导与加强技术支撑相结合、坚持按统一标准补贴与适当兼顾特殊相结合、坚持搞好制度设计与建立强有力工作队伍相结合等，对全国下一步改革具有借鉴意义。
从新疆改革试点看，需要进一步解决的主要问题是：
第一，制度隐含内容多，认识不统一。新疆试行的棉花目标价格制度，在性质上是一种新型的棉花市场损失补助制度，既有明确显示的制度规定，也有大量的没有明确显示的重要内容，但一些部门负责人和专家学者对这个制度的认识和解读还很不到位。特别是国家财政对新疆棉花目标价格改革的补贴支出客观上是有总量预算限制的，但由于没有公开显示，导致很多人从根本上忽略这个因素的作用。
第二，完全取消临时收储制度有缺陷，隐含棉花市场周转失灵风险。临时收储制度有目标价格制度不可替代的特殊功能，建立目标价格制度后，有必要重新考虑对临时收储政策的利用，实行保留和改造相结合。
第三，没有对个人和单位补贴设置最高限额，补贴申报者无缴费，不仅在加大经营规模较大的生产者的市场责任、从整体上提高国家财政资金作为一种稀缺资源的配置效率方面可以进一步改进，而且在从成本内生化入手发现、规范和管控成本，探索引入专业化机制降低制度操作成本方面可以进一步改进。
第四，农业数据建设管理不完善，制度的法制化程度不够。主要是农业生产方面的数据太少，基本上就是棉花种植面积，缺乏棉花生产品种、质量、区域、耕地类型、种植方式等相关信息，同时对数据提供责任、数据修正、数据失真追查及处罚机制等管理规定还不完善。目前国家统计局公布的棉花数据不包括所谓非农用地的部分，对市场形势的研判的影响很大，但并没有进行相关调整和解释。
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