地方各级国税、地税对非逃税查补税款执行《税收征管理法》第六十四条第二款“纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的”，处半倍以上五倍以下处罚有十多年。但随着公民维权意识的增强，征纳矛盾日渐增大。对该条款适用的理解，在税务系统内歧义也甚多，争议较大，主要情况如下：
一、未按有关法律原则及相关规定正确理解《行政处罚法》第二十七与《税收征收管理法》第六十四条的关系。《行政处罚法》第二十七条规定“有下列情形之一的，行政处罚应当予以从轻或减轻：一是主动消除或者减轻违法行为危害后果的;二是受他人胁迫有违法行为的;三是配合行政机关查处违法行为有立功表现的;四是其他依法应当从轻或者减轻行政处罚的”“违法行为轻微并及时纠正，没有造成危害后果的，不予行政处罚”。
何为从轻?是指行政机关在法定的处罚方式和处罚幅度内，对行政违法行为人在几种可能的处罚方式内选择较低的处罚方式，或者在一种处罚方式下，在法律允许的幅度内选择幅度的较低限进行的处罚。
何为减轻?是指行政机关在法定的处罚方式和处罚幅度最低限以下，对违法行为人适用的行政处罚。在处罚的程度上，它界乎于从轻处罚和免除处罚之间。具体地说，适用减轻处罚有两种情况，一是行政机关在法定的处罚方式以下对违法者实施处罚。另一种是行政机关在法定的处罚幅度最低限以下实施处罚。
何为轻微并及时纠正?指执法机关未介入前已自行纠正;何为没有造成危害后果，指未给社会造成不良影响，此情形可不予行政处罚。
上述一般规定对税务行政处罚同样适用，理由如下：
(一)根据立法法新法优于旧法、特别法优于一般法之原则，作为《税收征管法》虽然是特别法，但属旧法，《行政处罚法》是一般法，但属新法。所以，在选择时执行时，对于特别法未作规定而一般法有作规定的，可从一般法。
(二)《根据国务院关于印发全面推进依法行政实施纲要的通知》(国发〔2004〕10号)“--合理行政……行政机关实施行政管理可以采用多种方式实现行政目的的，应当避免采用损害当事人权益的方式。”
(三)根据国家税务总局贯彻行政法原则发布的《国家税务总局关于规范税务行政裁量权工作的指导意见》(国税发〔2012〕65号)第二条：“规范税务行政裁量权的基本要求”第二款：“合理裁量。……可以采取多种方式实现行政目的的，应当选择对纳税人权益损害最小的方式”。
以上所述一般法《行政处罚法》填补了特别法《税收征管法》的缺陷。也是马克思主义哲学中矛盾的特殊需性与普遍性的关系，即：从个别到一般，又从一般回到个别的原理。所以，只要有《行政处罚法》第二十七条情形之一的，就可以低于半倍处罚。那种教条主义者在税务行政执法实践中，隔绝《税收征管法》与《行政处罚法》的关系，将非逃税查补税款一律按《税收征管法》第六十四条第二款至少处半倍以上的处罚。更有甚者对轻微也谈不上的，如：检查出应退税款比应补税款还多时，仍然对应补税款处以半倍以上罚款，是极端错误的，严重的可以构成侵权犯罪。
二、法条理解上争议很大(一)纳税人普遍的理解是：纳税人主观有过错，明知是应纳税款却不申报才适用该条款。对于纳税人主观无过错，而未申报应纳税款的，则不适用该条款。这种情形只能按《税收征收管理法》第六十二条“未按照规定的期限办理纳税申报”处罚，即：由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款;情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
(二)申报不足不等于不申报，全国人大法工委经济法室编写的《税收征收法解释》，纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴纳税款，是指纳税人在规定的申报期限内未进行纳税申报，超过税款缴纳期限补缴或者少缴应纳税款的行为。而目前的非逃税查补税款大部分是纳税人申报不足，并非不申报，对于纳税人申报不足如何处罚，法律无明文规定，根据处罚法定原则，申报不足不能处罚。3、确定不进行纳税申报，不缴或少缴应纳税款的时点不明确，是以下户检查时的时点为准，还是以出具处罚决定书时的时点为准未作规定。如果以出具处罚决定书的时点为准，那么纳税人在出单前自行申报缴纳了未缴税款，就只能按《税收征收管理法》第六十二条规定进行处罚。
三、官方、学者、纳税人均要求考虑主观有无过错。1、福州市效能办《福州市开展规范行政处罚自由裁量权工作方案》(榕政综【2009】36号)规定在处罚中要考虑主观有无过错因素。
2、厦门地税局已实践“主观无过错不予处罚”的做法。并在《中国税务报》2009年4月24日以《“无过错推定”让企业放心》为题进行了详细报道。
3、2007年《中国税务》第8期杂志上刊发《纪念税收征收管理法颁布实施15周年高层研讨会》文章。认为应将“漏税”纳入法律规范，因为漏税一直客观存在于实际工作中。漏税是指纳税人非故意未缴或少缴税款的行为，是一种无主观故意的一般税务违法行为，应由税务机关责令补缴、并加收滞纳金，并未提到要给予处罚。
4、多数被罚纳税人陈述，他们主观没有少缴税款的故意，一是不少企业能主动要求税务师事务所进行税务审计，而经过税务部门检查出的税款，大部分企业认为是因政策理解不同造成的少缴税款;二是大部分财务人员、办税员是雇员，主观难有少缴税款的动机，因为，一旦被处罚无法向雇主交代，因而对半倍以上处罚抵触很大;三是还有部份纳税人因害怕被处罚，而有意多缴税款。
四、当前政治经济形势的要求。1、全球经济增长放缓，我国也深受影响，社会矛盾突显，全国范围内各执法部门要求开展柔性执法。《福建省地方税务局关于印发<在稽查工作中运用和实践税收柔性执法的指导意见>的通知》(闽地税函〔2012〕169号)第三、(五)规定“坚持处罚与教育相结合。根据税收违法行为的性质、情节、社会危害等，区别对待、合理规范地行使自由裁量权。对于偷逃税行为应严格依法惩处，杜绝其侥幸心理;对于因政策不明确而产生理解偏差或出现争议造成少缴税款的，可以依法轻罚或免予处罚，为纳税人提供纠错机会和渠道，通过教育、辅导等方式促进其依法诚信纳税”。
2、《国务院关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》下发后，地方政府要求各部门认真贯彻落实，给企业创造宽松的投资软件环境。
福州市效能办《福州市开展规范行政处罚自由裁量权工作方案》(榕政综【2009】36号)第三条(二)合理原则要求：“结合社会危害程度和主观过错等因素准确把握细化裁量标准的‘度’，避免畸轻畸重”。
第六条要求划分违法情节的轻重，要考虑：(1)违法执行人是偶犯、初犯、或惯犯;主观方面是故意还是过失;违法行为人的动机及主观恶性的大小。(2)违法行为危害的后果，如危害的数量、严重程度;是否采取措施消除或减轻行为的消极后果;所犯错误客观上是否可以补救。
五、处罚标准过于严厉，显失公平，容易引起行政诉讼，增加了社会不安定因素。相比新刑法201条将偷税罪改逃税罪，对首次逃税只要将税款、滞纳金、罚款入库可不追究刑事责任的背景下，对非逃税查补税款至少半倍的处罚等同于逃税处罚显得过于严厉，有违反过罚相当原则。
另外《征收诉讼法》规定当事人对行政处罚不服的可以依法向人民法院直接提起行政诉讼，《税收征收管理法》第八十八条第二款也规定了处罚行政复议为非必经程序，这使税务机关容易陷入相对被动的局面，目前福州某区地税局已有案例。
六、查补税款处罚有别于其他行为的处罚，因为在补税的同时，除税务机关的原因外，其他补税均要按日加收0.05%的滞纳金，按年算是18.25%(365×2‰)。何谓滞纳金，现行注释各异。《行政强制法》第十二条将其归为“行政强制执行的方式”;由李明龙主编、甘肃人民出版社出版的《税务辞典》对“税收滞纳金”一词的解释是：“亦称‘滞纳罚款’，简称‘滞纳金’。税务机关依法对未按规定期限缴纳税款的纳税人加收的罚款”。由原国家税务总局领导人刘志诚、卢仁法为顾问，章炜主编审中国财政经济出版社出版的《税务辞典》对“滞纳金”一词的解释是：“按照税法规定，对不按规定期限而逾期缴纳税款的纳税人所加收的款项。是税务机关对违反税法的纳税人的一种经济制裁方式。……滞纳金与罚款不同，它既带有处罚性，又具有利息性质，因此按日计算加收”。
在这种形势下，非逃税查补税款一律按《税收征收管理法》第六十四条第二款进行处罚，是不合适的，应尽快作出调整。
考虑到政府要求对法律模糊的处罚作列举，根据以上所述，将非逃税查补税款按半倍以下处罚，作列举项目如下：
1、政策上有争议的;2、管征上有争议的;3、不可抗力的;4、地方政府及有关政府部门行为;5、纳税人对政策理解偏差的;6、对政策频繁变动的土地增值税清结算与企业所得税汇算，以及相关的预征税款。7、纳税人计算或填写错误。如：企业纳税申报表无错漏，但税单凭证录入项目有误的等等。8、税务机关通知滞后：如：政策变更到达时间滞后(含税务部门征收方式认定的滞后)，纳税人已按原规定办理的;管理系列有关的税种鉴定有错漏等等;9、新税法、新政策、新规定、新办法以及纳税人属新设立或新纳税项目等首次未申报的;10、不能按税务机关通知时限入库但有证据证明确有资金困难的或将造成员工下岗失业影响社会安定等等;11、检查出应退税款比应补税款还多的;12、其他特殊原因。
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