会计集中核算对于核算部门的工作积极性有着一定的影响。在企业财务管理实施会计核算制度过后，各个部门的资金使用全部都经由一个集体账户来对其进行核算，并且通过核算中心对各个部门的各项收支以及资金配置情况进行相应的审核，这样就能够有效的控制企业资金在划拨时出现滥支滥用情况，极大的限制了企业资金划拨的随意性。然而在企业财务会计集中核算制度落实的时候，集中核算制度的推行是对其财务管辖权的削弱，严重的限制了他们对于资金进行配置自主权，这就使得其积极性受到了打击，主要表现在这么几点：
开虚假发票。利用开虚假发票，对资金进行套取，在落实会计集中核算之后，因为财务管理跟不上会计核算脚步，核算中心对于资金活动的监督过程中，具有辨别票据真假能力，但是没有对其票据中经济活动事项真伪识别的能力，在对各个单位的进行资金配置的时候主要也是依据票据而定。这就使得有些部门乘虚而入。利用虚假发票来套取资金，因为套取的资金没有得到有效的监管，那么必然会出现腐败的现象。
核算单位资金配置不合理。核算部门丧失了对于资金的控制权，那么也就意味着他们不用再为企业财务管理负责，从而也就没有充分考虑资金申请的合理性，预算是不是过多，申报资金是不是在公司承受范围内，从而导致用支无度的情况出现。
缺乏理财意识。因为在落实集中核算后，有的核算部门认为财务核算工作应该由核算中心来负责，从而就导致其丧失了对于资产管理的积极性，没有专人对其进行管理，致使资产管理一片混乱。
相关部门没有在工作中进行有效的沟通，形成配合。会计集中核算让企业财务有了新的分工，将会计职能以及财务管理职能给划分到了结算、核算中心，各司其职，这样让两个部门在工作中缺乏一定的沟通，不能够形成有效配合，但是财务管理的基础是有效的会计核算数据，仅仅是凭借每月一次的会计报表，而没有良好的配合，会让财务管理工作的难度增加。
另一方面，将分工细化让各个部门所负责的工作性质与职责也存在一定的差异，预算申请以及下发费用、项目内容以及资金使用情况也各不相同。有些部门单位报账的会计素质偏低，对于会计业务不是非常熟悉，在进行报账的时候没有明细资金性质以及开支等基本信息，这就让中心人员在进行核算的时候非常困难，使得会计信息不够精准，甚至出现了违背规章制度的情况，这样在领导阶层来做出企业发展决策的时候，就不能够提供精准的信息。
单位内部财务监督机制不够完善，导致财务管理出现混乱。因为企业实施会计集中核算，那么单位财务也是通过核算中心来进行核算，这就使得单位财务部被压缩，仅仅只留下报账人员，负责会计与出纳，这就使得单位内部监督机制被削弱，使得贪污腐败之风盛行。另一方面，财务核算中心对单位实施代理记账，虽然也有着一定的监督作用，但是“事无巨细”，需要保留一些财务执行力，对此，就造成单位内部把关不严，从而影响到别的部门发展。
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