按照“特殊优于一般”的法律效力原则，用人单位与劳动者在劳动合同中的特殊约定的法律效力高于规章制度的一般规定。

依据《工资支付规定》第十三条“用人单位签订综合工时劳动合同，必须经过劳动行政部门的审批”之规定，来函​并没有反映公司有向您出示劳动行政部门批复文件的事实，即不存在综合工时的劳动合同约定。

根据相关规定，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动合同或者聘用合同。公司约定不缴纳社保合法吗?合同规定妇女不得怀孕生育，女工怀孕生育后被开除合法吗……